在HPV疫苗的选择上，医生通常推荐二价疫苗而非四价。二价疫苗主要针对HPV16和18这两种高危病毒，针对9-45岁的女性，可以提供大约84%的宫颈癌预防率，但不包括尖锐湿疣。尽管四价疫苗在预防尖锐湿疣方面有优势，能防止4种病毒类型，且适用于更广的年龄段，但其价格相对较高，且不能针对所有的HPV类型。
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